MBR 一体化污水处理设备虽然有诸多优点，但也存在一些缺点，主要包括以下几个方面：
膜组件成本高：MBR 设备的核心是膜组件，其价格相对较高，这使得设备的初始投资较大。例如，一套处理规模为 100 立方米 / 天的 MBR 一体化污水处理设备，仅膜组件的成本可能就占设备总成本的 30%-50% 左右。而且膜组件的使用寿命有限，一般为 3 - 5 年，到期后需要更换，这进一步增加了设备的长期运行成本。
膜易污染：在运行过程中，膜表面容易受到污水中有机物、微生物、胶体等物质的污染，导致膜通量下降。为了维持膜的正常运行，需要定期进行化学清洗，这不仅增加了药剂成本和维护工作量，还可能会对膜造成一定的损伤，缩短膜的使用寿命。如果膜污染严重且清洗不及时，可能会导致膜组件提前报废，需要更换新的膜组件，增加了运行成本。
对进水水质要求高：为了保证膜组件的正常运行和使用寿命，MBR 一体化污水处理设备对进水水质有较高的要求。一般要求进水的悬浮物（SS）浓度低于 50mg/L，化学需氧量（COD）低于 500mg/L，生化需氧量（BOD）低于 300mg/L，同时还需要控制进水的酸碱度（pH 值）、温度等参数。如果进水水质超出这些范围，可能会导致膜污染加剧、微生物活性受到抑制等问题，影响设备的处理效果和运行稳定性。
能耗较高：MBR 设备需要通过曝气来为微生物提供氧气，同时实现膜表面的冲刷，防止膜污染。曝气过程需要消耗大量的电能，一般占设备总能耗的 50%-70% 左右。此外，膜过滤过程中也需要一定的动力来驱动污水通过膜组件，这也增加了设备的能耗。与传统的污水处理工艺相比，MBR 一体化污水处理设备的能耗通常会高出 20%-50%。
技术复杂：MBR 一体化污水处理设备涉及到膜技术、生物处理技术、自动化控制技术等多个领域的知识，技术相对复杂。设备的安装、调试和运行需要专业的技术人员进行操作和维护，对操作人员的技术水平要求较高。如果操作人员对设备的原理和操作方法不熟悉，可能会导致设备运行参数设置不合理，影响处理效果，甚至可能会引发设备故障。
